A CAPES vem cumprindo seu objetivo principal de subsidiar o MEC na formulação das políticas de pós-graduação, coordenando e estimulando - mediante a concessão de bolsas de estudo, auxílios e outros mecanismos - a formação de recursos humanos altamente qualificados para a docência em grau superior, a pesquisa e o atendimento da demanda profissional dos setores públicos e privados. A CAPES é a única agência de fomento à pós-graduação, no Brasil, a manter um sistema de avaliação de cursos, reconhecido e utilizado por outras instituições nacionais.
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