A sede do INCTTOX fica no Instituto Butantan, congregando equipes de pesquisadores de instituições, como UFMG, FUNED, Fiocruz, UFPA, UFAM, Museu Goeldi, USP, UFPB, UFRJ, UNESP. A maioria dos grupos envolvidos possui projetos financiados por diferentes agências, como Fapesp, Fapemig, Faperj, CNPq, Finep e empresas química-farmacêuticas.
